由于历史久远，再加上年久失修，新世纪之初，西黄寺建筑及院落已显得十分破旧。经国家文物局和北京市文物局批准，中国藏语系高级佛学院从2006年9月22日至2008年8月31日，历时23个月，对西黄寺进行了本世纪以来的第一次部分复建和全面修缮，复建工程包括慧香阁、东西禅房，修缮工程包括天王殿、垂花门、大殿、东西配房、东西配殿、东西碑亭、塔台、御路、庭院及外管线等。修建房屋总计110间（其中新建74间，修缮36间），构筑物3座，总建筑面积达3484平方米，使古老的西黄寺焕然一新。

　　尊重历史文化传统

　　西黄寺就其文物价值、政治历史意义、宗教作用及所处地点的特殊性而言，是众多寺庙不可比拟的。作为清代皇家寺庙，其建筑规格、木架结构、屋面形式、琉璃颜色、彩绘图案等，都有严格的定制。这些定制既是当时政治等级的表现，也是历史文化。因此，西黄寺修缮过程中经常会遇到怎样尊重历史的问题。历史上，西黄寺大大小小的修缮达8次之多，不同时期各有所求，恢复其历史原貌困难重重。以西黄寺建筑的屋面琉璃瓦颜色为例，有全黄琉璃瓦的；有黄琉璃脊和黄琉璃瓦边、绿琉璃瓦心的；有绿琉璃脊和绿琉璃瓦边、黄琉璃瓦心的。据查证，清王朝对琉璃瓦的使用有严格的规定，涉及皇帝的建筑使用全黄琉璃瓦屋面；王爷的建筑则使用绿琉璃瓦边、黄琉璃瓦心的屋面；侯爷的建筑使用黄琉璃瓦边、绿琉璃瓦心的屋面。西黄寺是清中央政府给达赖和班禅在北京修建的驻锡地，达赖和班禅是当时西藏地方政府的首领，属一方诸侯，按照清王朝对琉璃瓦的使用规定，应该是黄琉璃脊和黄琉璃瓦边、绿琉璃瓦心的屋面。现在，西黄寺除了皇帝御笔的两座碑亭是全黄琉璃瓦屋面外，其它使用琉璃瓦屋面的建筑均为黄琉璃脊和黄琉璃瓦边、绿琉璃瓦心。类似的问题在彩绘图案、木作斗拱等方面都有出现。

　　坚持“修旧如旧”的原则

　　文物古迹是现代人与古人对话和交流的直接途径，文物修缮则是现代人对这种直接途径的有效保护。在西黄寺复建修缮工程中，中国藏语系高级佛学院领导班子始终坚持“保护重于修缮”的理念。多保留一点文物古迹就是为后代多保留一条与先人对话的路，文物古迹多保留一天就可能多一个创新保护技术手段的思路。修缮工程尽量做到修旧如旧，能保则保。如在慧香阁复建工程中，按已批准的设计图纸，原有老台基要全部拆除。当中国藏语系高级佛学院的有关负责人发现老台基系乾隆年间原物，有保留价值时，及时与文物部门联系，召开专家论证会，邀请专业机构对原有老台基进行勘探和重力实验，在确保地上建筑物质量和安全的前提下，最后保留了原有老台基。为此，西黄寺工程项目组最后在慧香阁前立了一块石碑，告诉人们，慧香阁是21世纪的建筑，但是慧香阁的台基却是乾隆年间的老台基。在大殿的修缮中，挖掘出了1780年（乾隆四十五年）西黄寺大殿的原有地基基础和土衬石，这一方面说明现在的大殿不是乾隆年间的原有建筑，另一方面让大家了解了原建筑的规模和基本格局。中国藏语系高级佛学院按照文物保护法规的有关要求，采取就地作遗址保护的相关措施，使西黄寺又多保留了一处古迹。在施工中，坚持凡补配、更换木构件时，就以现存实物为根本依据；凡屋面配瓦、兽、脊件和其它烧制的构件时，规格尺寸均以现存实物为准定制，尽可能体现修旧如旧的原则。

　　集各方之力，确保工程顺利完成

　　修庙离不开僧人，充分发挥宗教界人士的作用是工程顺利进行的重要条件。西黄寺复建修缮工程始终是在宗教界人士的参与和指导下进行的。从复建工程展开之初，中国藏语系高级佛学院就成立了西黄寺复建修缮工程藏传佛教代表人士顾问小组，参与方案的审定、日常巡查和主要工序的现场监督指导，坚持召开宗教界人士参加的情况通报会，听取各方面意见和建议，使西黄寺作为藏传佛教寺庙的复建修缮工作得到了有效指导和极大帮助。

　　参与此次复建修缮工程的施工工人都是有多年古建经验的专业工人，他们是做好工程的关键。在复建修缮期间，每年“五一”劳动节，中国藏语系高级佛学院都要邀请工人代表举行座谈会，听取意见和建议，调动参与施工的各方面人员的积极性，确保西黄寺复建修缮工程顺利竣工。

　　安全施工是古建筑的重中之重。古建筑是全木结构，加之油漆彩画原料均为易燃物品。依据建筑法、安全生产法及建设工程安全生产管理条例和规程，建设单位应加强文明施工和安全管理。为此，中国藏语系高级佛学院组织成立了由建设单位、监理单位、施工单位专职人员组成的安全检查小组，对施工现场进行巡查，消除不安全隐患，实现安全生产。

　　西黄寺承载着历史和希望

　　对于西黄寺，从顺治到乾隆，先后几代皇帝敕建敕修并亲自过问。在这次的复建修缮过程中，国家和有关部委多位领导关心支持，亲临现场；香港新鸿基地产郭氏基金会的捐款善举，这些都充分说明西黄寺在维护国家统一、促进民族团结、加强中央政府和西藏地方政府关系等方面发挥着不可替代的作用，有着特殊的意义。

　　慧香阁是西黄寺最具藏式建筑风格的建筑，也是西黄寺的核心建筑之一。历史上，从英法联军、八国联军到侵华日军，他们都对西黄寺进行过掠夺和破坏。民国期间，西黄寺成为国民党军队的军营和仓库，赫赫有名的慧香阁正是毁于一次弹药库的爆炸。上世纪50年代初，北京市有关部门在慧香阁原址上建起了一层平房，受当时经费和条件所限，建筑甚为简陋。此次修缮论证期间，专业技术人员几次提出希望恢复慧香阁的历史原貌。但由于慧香阁是全木结构，规模宏大，所需资金难以落实，慧香阁复建计划暂被搁置。2006年11月，时任全国政协副主席、中央统战部部长的刘延东同志亲临西黄寺施工现场，仔细询问各个建筑的复建修缮情况。行至慧香阁前，听完了学院负责人介绍慧香阁的历史和此次修缮方案后，刘延东说：“既然叫慧香阁，阁就应该是两层。况且历史上就是两层，我们应该恢复慧香阁的历史原貌。”慧香阁复建行动就此决定，从而也就有了今日修复好的慧香阁。

　　西黄寺复建修缮工程凝结了众多人的心血，更承载着历史和希望，但愿一个崭新的西黄寺能够成为向世界展示中国藏传佛教文化的一个窗口。